Medtem ko je bil glede načina vključitve v frankovsko državo Karel strpen, ni poznal popuščanja glede pokristjanjevanja priključenega prebivalstva. Misijonske metode irskih menihov je bilo konec.

Karel je začel obrske vojne tudi zaradi »velike in neznosne zlobe, ki so jo Obri kazali do svete cerkve in krščanskega ljudstva«. V tem se pač kaže boj fevdalne družbe na duhovnem področju proti starejšim oblikam družbene ureditve z večjo svobodo in enakopravnostjo. Obrsko poslanstvo, ki je spomladi 796. Karlu sporočilo pripravljenost obrskega ljudstva za krst, je sprožilo tudi vprašanje organizacije misijonskega dela. Pod Alkuinovim vplivom so revidirali misijonske metode frankovske cerkve.

V zvezi z novimi obsežnimi poganskimi ozemlji, ki so se odprla misijonskemu delu, je začel Alkuin v številnih pismih Karlu in drugim ostro kritizirati frankovsko misijonsko delo. Proti frankovskim načelom je utemeljeval načela anglosaške misijonske metode. V svojih pismih predvsem podčrtuje, da je vnanje prisiljevanje pri pokristjanjevanju škodljivo. V pismih razvija načrt za misijonsko delo. Najprej je treba pridobiti pogane z verskim podukom, nato šele krstiti. Samo po sebi se mu zdi potrebno pri verskem pouku uporabljati domači jezik ljudstva. Zlasti ostro je Alkuin naglašal škodo, ki so jo pri Saših zagrešili duhovniki, ko so izterjevali desetino.

Koliko je ta teorija o misijonskem delu v naših pokrajinah res prišla do veljave? S Pipinom je šlo leta 796 ob vojnem pohodu v Panonijo tudi več škofov, med njimi tudi oglejski patriarh Pavlin. Na posebnem škofovskem sestanku na obrskem ozemlju ob Donavi so škofje razpravljali o načinu pokristjanjevanja Obrov. Neposredno na Alkuinova pisma je oprto zaporedje misijonskega dela pa tudi njegov način. Kaže, da je bila tudi Karantanija še vedno všteta v izrazito misijonsko področje.

Ob isti priložnosti je bilo salzburški škofiji dodeljeno osvojeno ozemlje severno od Drave do državne meje na vzhodu, južno od Drave pa oglejskemu patriarhu. Salzburška škofija je bila 798. povišana v nadškofijo. Tako je bavarska cerkev v širšem okviru frankovske vendar še ohranila delno samostojnost, ki so jo Bavarci na političnem področju že izgubili. Po obisku v slovenskih pokrajinah in po poročilu Karlu Velikemu je salzburški nadškof Arno obnovil »pokrajinske škofe« v Karantaniji. Vse slovensko ozemlje v okviru salzburške nadškofije je bilo združeno v enotno misijonsko območje. Da je Karantanija sodila v to območje še kot prava misijonska pokrajina in ne kot že krščena, dokazuje zlasti dejstvo, da so tudi v Karantaniji uvedli misijonsko »slovansko desetino«. Poganstvo je bilo tu vendarle še močno razširjeno, krščevanje Karantancev pa v mnogočem šele stvar 9. stoletja.

Po Pavlinovi smrti (802) se je med Salzburgom in Oglejem vnel spor glede pripadnosti karantanskega dela misijonskega območja. Ko je Karel Veliki 803 Salzburgu potrdil podelitev ozemlja severno od Drave iz leta 796, je obenem verjetno rešil oglejsko-salzburški spor in odločil, naj obe nadškofiji deli Drava tudi v Karantaniji, ki je dotlej vsa sodila pod Salzburg. Kljub pritožbi obeh strank je Karel 811. vnovič potrdil svojo odločbo iz 803. Ta cerkvena meja ob Dravi je poslej delila slovensko ozemlje vse do druge polovice 18. stoletja.

Način pokristjanjevanja se je v primerjavi s frankovsko misijonsko metodo bistveno omilil. Zunanji pritisk pri pokristjanjevanju v slovenskih pokrajinah pa nikakor še ni izginil. To nam kaže splošna karolinška zakonodaja v cerkvenih in verskih vprašanjih, veljavna za vso državo. Za Karla Velikega nekrščenih podložnikov ni bilo, saj so v njegovih zakonih ponovno ukazi, da je treba vse prisiliti, da se nauče vere in očenaša. Tiste, ki niso znali latinskega besedila teh molitev na pamet, je dal celo kaznovati s šibami.

Enako podobo nam kaže tudi priročnik, ki je nastal v zvezi z misijonskim delom med Slovani in Obri. Vsa svoboda pri pokristjanjevanju se je omejila na formalno izjavo, da se je krščenec za krst odločil prostovoljno. Zaradi gospodujočega položaja kristjanov nasilni zunanji pritisk velikokrat niti ni bil potreben. Življenjske okoliščine so že same silile pogana, da je sprejel krščansko vero.

V tej temeljni točki torej Alkuinova priporočila nikakor niso dosegla svojega pravega namena, dasi so bistveno spremenila starejšo izbiro: krščanstvo ali smrt.

Alkuin pa je uspel glede desetine: pod njegovim vplivom je bila pri Slovencih uvedena posebna »slovanska desetina«, približno za tretjino manjša od navadne. Predvsem pa so upoštevali Alkuinove nasvete glede veljave domačega jezika; Karlova zakonodaja je v zvezi s tem povzročila ustalitev in nemara že tudi zapisovanje molitvenih obrazcev v slovenskem jeziku. Ta prvi korak do slovenskega pismenstva je imel tudi svoje družbene temelje. Slovenska družbena struktura v tem času sicer še ni bila enaka frankovski, bila pa je sama v sebi zaokrožena. Slovenci še niso bili vsi podložniki, tuji fevdalci se še niso vgnezdili povsod med njimi. V poznejših srednjeveških rokopisih se je ohranilo nekaj molitvenih obrazcev, ki izvirajo iz tega časa in so zvezani s Karlovo zakonodajo o katehezi: vera in očenaš v rateškem rokopisu (med leti 1360 in 1390) in starogorskem rokopisu (konec 15. stoletja), drugi nedvomno še iz 8. stoletja, krstna odpoved hudobnemu duhu in krstna izpoved vere v sv. Trojico iz časa okrog leta 800 v brižinskih spomenikih, napisanih okrog leta 1000. To so bili začetki oblikovanja skupnega nadplemenskega kulturnega jezika. Pod vsemi temi vplivi je zavestno poganstvo med Slovenci v 9. stoletju izginilo. Ohranili so se sicer stari obredi, zagovori, šege in zaklinjanja, bajke in ponekod čaščenje dreves in studencev, a na zunaj so slovenske pokrajine v tem času postajale krščanske.

Dejstvo, da so Slovenci sprejeli novo vero, dasi v dobršni meri tudi zavoljo zunanjih okoliščin, jih je obvarovalo pred iztrebljenjem. Krščanstvo je pospeševalo tudi razvoj v fevdalizem in kulturni napredek v Karantaniji. Delo salzburških misijonarjev v začetku 9. stoletja je bilo v več pogledih temelj poznejšega velikega dela solunskih bratov Konstantina in Metoda v Panoniji in na Moravskem. Vendar je spremljalo razširjanje nove vere tudi več škodljivih okoliščin. Krščanstvo se je širilo v zvezi s tujo oblastjo: cerkvena središča so bila v tujini (Salzburg na Bavarskem, Oglej v Furlaniji); to je spodkopavalo možnost slovenske politične osvoboditve. Ker krščanstvo na Slovenskem ni ustvarilo samostojnega cerkvenega središča in je bilo zvezano z latinskim obredom, je vklepalo Slovence v krog tujejezične kulture. Predvsem zaradi družbene katastrofe od prve polovice 9. stoletja naprej, ko so se v slovenske pokrajine po izgubi notranje slovenske samostojnosti naseljevali tuji fevdalni gospodje in zavladali nad slovenskim ljudstvom ter postopno preprečevali nadaljnji razvoj in obstoj domačega višjega vladajočega družbenega razreda, je bilo to vklepanje v latinsko mednarodno kulturo bistvena zavora za razvijanje slovenske. Značilno je, kako redke so vse nove pridobitve (v vsebinskem pogledu) na področju slovenskega pismenstva od sredine 9. stoletja pa vse do 16. stoletja, ko je dal protestantizem Slovencem prvo tiskano knjigo. Slovenski jezik je bil omejen le na ljudsko, kmečko kulturno življenje.