Od leta 1527 le dva dela slovenskega ozemlja nista bila pod Habsburžani, marveč pod Beneško republiko. Prvi med njima je del slovenske Istre. Že v drugi polovici 13. stoletja so morala priznati beneško oblast mesta Koper (1279), Izola (1279) in Piran (1283), ob propadu posvetne oblasti oglejskega patriarha 1420 tudi Milje, hkrati pa se je beneška oblast razširila tudi v notranjost dežele. Nekaj desetletij po vojni s Trstom (od 1463 do 1509) so imele Benetke pod svojo oblastjo celo Brkine na Krasu; v vojni z Maksimilijanom pa so to ozemlje spet izgubile.

Toda če v tem času govorimo o Beneški Istri ali Istrski marki — za razliko od Pazinske knežije ali Istrske grofije, ki je bila pod Habsburžani — gre pri tem bolj za zemljepisno ime. Benečani namreč mest in podeželja, ki so ga v hrvaškem in slovenskem delu Istre do 15. stoletja spravili pod svojo oblast, niso združili pod skupno pokrajinsko upravo. Domačim istrskim uradom so le začasno in delno izročali nekatere upravne naloge za območje, ki je presegalo ozemlje posameznega mesta. V glavnem so pustili Istro razdeljeno na posamezne sestavne dele. Vsak sestavni del je bil odvisen od osrednjih beneških uradov in oblasti v Benetkah.

Od 12. stoletja naprej so se Benetke razvile v oligarhično plemiško republiko, v kateri je postal namesto prejšnje skupščine ljudstva nosilec državne suverenosti veliki svet, omejen od 1323 samo na plemstvo. Tudi ta svet je v 15. stoletju postal prevelik in se je spremenil predvsem v volilno telo za različne še ožje organe. Iz neke takšne komisije velikega sveta se je razvil senat (ali svet naprošenih), čigar sklepi so že od konca 13. stoletja imeli enako veljavo kakor sklepi velikega sveta; tako je ta organ, ki je zrasel do 15. stoletja na okoli 300 članov, sam prevzel odločanje o notranji in zunanji politiki, upravi, gospodarstvu, državnih financah ter voljenje različnih organov. Ker je bil tudi senat prevelik za odločanje o zelo zaupnih stvareh, je del pravic prepustil posebnemu svetu deseterice, ki mu je pozneje dodal še 20 uglednih senatorjev. Za praktične upravne naloge pa je obstajala poleg teh vrhovnih organov še pisana množica raznih uradov za politično upravo, sodstvo, gospodarske zadeve, šolske zadeve in javno higieno.

Osrednji upravni in oblastni organi Beneške republike niso neposredno upravljali odvisnih mest v Istri, marveč so jim dali navidezno samoupravo. Neposredno so posegali v odločitve domačih mestnih organov le kot vrhovna prizivna instanca. Toliko večji pa je bil posredni vpliv Benetk.

Beneška Istra se je še naprej delila na starejše sestavne dele. Ker so šteli za »mesta« le tista, v katerih so imele sedež škofije in so imela razmeroma velik mestni okoliš, je sodilo v to vrsto v slovenskem delu beneške Istre le ozemlje Kopra. Druge upravne okoliše mestnih komun so šteli za »ozemlja«. »Ozemlja« so bila sorazmerno manjša; Piranu je bilo podrejeno območje na obeh straneh Piranskega zaliva od Savudrijskega do Piranskega rta, Izoli majhen okoliš ozkega trikotnika na jug do Dragonje, Miljam pa severna polovica Miljskega polotoka ob Žaveljskem zalivu. Domala vsa druga slovenska Beneška Istra je bila podrejena Kopru. Kot pravo fevdalno upravno ozemlje (baronija) je segel na slovensko ozemlje le fevd Pietrapelosa, ki je zajemal še Socerb in Pregaro; vendar tudi vzhodni del koprskega ozemlja (nekako vzhodno od črte Gabrovica-Rižana-Lopar-Gradin-Šterna) in nekateri kraji na njegovem jugu (Krkavče) niso bili v vseh pogledih neposredno pod upravo mestnih organov, marveč so bili razdeljeni med razne fevdalce. Med temi fevdalci je bil najmočnejši koprski škof, poleg njega še nekaj koprskih in beneških plemiških družin.

Načelnike mestne uprave (kneze ali podestate) je volil vsakemu mestu beneški senat. Čeprav je sodil z domačimi sodniki, je bila odločitev v knezovih rokah. Sprva so se lahko pritožili proti takim odločbam le pri osrednjih beneških sodiščih; ko pa so v 16. stoletju v Istri nastale gospodarske težave, ker se je avstrijska trgovina usmerila v Trst, so Benetke leta 1584 pooblastile posebno komisijo v Kopru kot vzklicno sodišče za vso Istro. Leta 1636, ko je bila oblast novega sodišča že dodobra utrjena, pa je dobilo novo nalogo; sodniki so namreč morali v šestnajstmesečnem uradovanju vsaj enkrat prepotovati deželo, pregledati upravo krajevnih oblasti in razsoditi o vseh morebitnih pritožbah.

Sicer pa je tudi uprava istrskih mest slonela na velikem svetu kot predstavniku domačega plemstva vsakega mesta ter malem svetu kot izvršnem organu mestne uprave. Glavni dohodki mestne uprave so izvirali iz glob, dacev na užitne predmete (užitnin) in desetine od poljskih pridelkov.

Kljub oslabitvi fevdalnih razmerij so se nekatere njihove oblike seveda še ohranile. Najobčutnejše so bile na ozemlju baronij, kjer so fevdalci ohranili upravno in sodno oblast, pravico do desetine in drugih dohodkov od zemlje in drugih gospodarskih dejavnosti. Celo na takšnih področjih ni bila izključena omejena vaška samouprava. V vaseh mestnih okolišev je bila ta samouprava širša. Vendar so tudi tu morali kmetje plačevati dolžni del pridelkov mestnim oblastem ali posvetnim ali cerkvenim gospodom. Zelo razširjen je bil tudi kolonat.

Seveda tudi mestno prebivalstvo v družbenem pogledu po svojih pravicah ni bilo enotno. V mestih so gospodovali plemiči, ostalemu prebivalstvu je bil vstop v samoupravne organe zaprt. Tudi mestno prebivalstvo se je v dobršni meri preživljalo z obdelovanjem zemlje, ne samo s trgovino in obrtjo.

Med najpomembnejšimi pridelki poljedelskih gospodarskih panog sta bila olje in vino, poleg tega sta bila v slovenskem delu Istre pomembna še pridobivanje soli in ribolov. Za razmerje Benetk do Istre je značilno, da je prav te poglavitne gospodarske panoge, ki so delale za izvoz, oklepalo celo omrežje omejitev: ne le da je bilo treba plačevati desetino od oljke in dac od stiskalnice, marveč so smeli olje zunaj Istre izvažati le v Benetke, kjer so plačali visoko carino. Tam so ga pa morali prodati le pooblaščenim monopolnim trgovcem, ki so sami določali ceno. Podobno tudi soljenih rib niso smeli izvažati drugam kakor v Benetke, celo za vina slabše kakovosti je veljala ista omejitev. Zlasti pa so Benetke pazile na trgovino s soljo, ki so jo hodili kmečki tovorniki iz zaledja iskat v istrska mesta, zlasti v Koper, in hkrati prodajali žito in druge pridelke.

V 16. in 17. stoletju so kužne bolezni in vojne z Avstrijo večkrat hudo prizadele prebivalstvo Beneške Istre. Koper, ki je štel v prvi polovici 16. stoletja 9 do 10 tisoč prebivalcev, jih je ohranil po divjanju kuge od 1552 do 1554 le še 2310, dvainštirideset vasi na koprskem mestnem ozemlju pa okoli 5 tisoč. Nekaj let pozneje (1557 in 1558) je Piran izgubil dve tretjini svojega prebivalstva. Ko se je Koper po dolgih desetletjih v 17. stoletju spet povzpel na okoli 4 tisoč prebivalcev, ga je nova kužna bolezen od 1630 do 1631 spravila na okoli 1800 prebivalcev. Vsa Beneška Istra je imela po štetju, ki so ga leta 1649 izvedle Benetke, le 49.332 prebivalcev!

Ob takšnem položaju so mogle Benetke pričakovati od Istre kako korist le, če so poskrbele za obnavljanje izumrlega prebivalstva. Dovajanje prebivalstva iz Italije ni uspelo. Pač pa so že v prvi polovici 16. stoletja z uspehom naseljevali begunce izpod turške oblasti na Balkanskem polotoku.

Za olajšanje te kolonizacije je beneški senat leta 1556 podržavil zemljišča, ki niso bila obdelana. Upravo teh podržavljenih posestev so izročili posebnemu »uradu za neobdelana zemljišča«, ki je to zemljo delil med ljudi. Sedež urada je bil v Benetkah.

Ta kolonizacija je še pospešila omejevanje ostankov fevdalnega reda v Beneški Istri. Hkrati je tudi nekoliko spremenila narodnostni ustroj na polotoku. V slovenskem delu Istre, kjer je bilo več romanskih mest, se sicer slovanski živelj ni okrepil prek meja, ki jih je bil dosegel že prej, pač pa se je v okolici Buzeta narodnostna meja med Hrvati in Slovenci nekoliko premaknila v hrvaško korist na sedanjo črto.

Samouprava Beneške Slovenije

Po koncu posvetne oblasti oglejskega patriarha v Furlaniji in Istri leta 1420 je prišel pod oblast Beneške republike poleg Slovencev v severozahodni Istri tudi majhen del slovenskega ozemlja jugozahodno od Julijskih Alp in vzhodno od Čedada, Nem in Humina. Ko je bil med prvo vojno med Habsburžani in Benetkami 1509 pridružen habsburškim deželam tudi tolminski okraj, je bila beneška oblast omejena na Beneško Slovenijo, ki je merila okoli 520 km². Že od 13. stoletja so te kraje zaradi narodnostne razlike med slovenskim prebivalstvom v hribih in romanskim v ravnini imenovali Slovenijo; ime Beneška Slovenija pa izvira iz časa beneške oblasti.

Kamnita plošča mize landarske banke edini arheološki ostanek nekdanje avtonomije »dveh dolin« Beneške Slovenije Plošča ima vdolbene različne grafične simbole: danes je na prostem v benešk vasi Bjača pod Landarjem

To ozemlje je bilo še izza oblasti oglejskih patriarhov razdeljeno med različna zemljiška gospostva. Vzhodni del Beneške Slovenije je bil prej v glavnem v neposredni posesti patriarha, medtem ko sta srednji in zahodni del pripadala večidel različnim fevdalnim rodbinam iz Furlanije, Rezija pa v celoti samostanu v Možacu v dolini Bele. Kljub temu da je bilo podrejeno tem zemljiškim gospostvom in gastaldom v Landarju in Ahtenu, je prebivalstvo vzhodnega dela te dežele — porečja Nadiže do črte Čedad—Razor — pod patriarhovo vlado ohranilo neko upravno in sodno samoupravo. Gospodarska podlaga te samouprave je bila delež živinoreje v celotnem gospodarskem življenju te hribovske pokrajine.

V teh razmerah so se tudi v zahodnem in srednjem delu Beneške Slovenije poleg vaških zborov ohranili tudi zbori predstavnikov vasi za širše okoliše — za Rezijo, tarčentsko in nemško občino. Položaj podložnikov in sodstvo sta bila urejena s posebnimi statuti za posamezna zemljiška gospostva, včasih tudi za posamezne vasi. Prebivalstvo nemške občine je bilo v dobi beneške oblasti zaradi dolžnosti, da skrbi za popravljanje potov in mostov, osvobojeno nekaterih davkov, statut te občine pa se je nanašal na volitev samoupravnih organov, na nadzorstvo nad pašniki in na cene življenjskih potrebščin.

Obmejna lega v sosedstvu habsburške Goriške grofije je bila poglavitni vzrok, zaradi katerega Beneška republika ni le potrdila, marveč tudi razširila starejše pravice prebivalstva vzhodnega dela Beneške Slovenije, ki je predstavljalo po svoji končni ureditvi poseben obrambni organizem. Njeno prebivalstvo je bilo namreč dolžno, da »mora nositi sámo s svojim delom in stroški skrb in breme varovanja prelazov v teh krajih in njihovega vestnega vzdrževanja in dobre varnosti proti barbarskim plemenom«, kakor je govorila potrditev pravic iz 1492. V obdobjih miru so potrebovali za obmejne straže dnevno po 200 ljudi, v sili so se morali udeležiti obrambe vsi moški. Zaradi teh posebnih dolžnosti so bili sprva osvobojeni le nekaterih, od sredine 17. stoletja pa »vseh bremen« v korist države. Poleg tega pa je dosegla samouprava krajevnih vaških organov ozemlja vzhodnega dela Beneške Slovenije tako stopnjo, da sta bili ti »dve dolini« prav zaradi teh svojih značilnosti ločeni »ne le od področja Čedada, marveč tudi od Furlanije« (1788).

Temelj samoupravne organizacije so bile vasi z voljenimi župani ali dekani. Vsega skupaj jih je bilo šestintrideset. Ta samouprava je ostala v veljavi do padca Beneške republike (1797) in je brez dvoma vplivala, da je ta dežela ohranila popolnoma slovenski značaj v istem času, ko so se romanizirali poprej slovenski kraji v Furlanski nižini.