Na pomembnem sestanku zastopnikov avstrijskih deželnih stanov v Pragi 1542 so začeli deželni stanovi odkrit boj za svobodo protestantske veroizpovedi kot podlage za cerkveno reformo.

V štiridesetih letih 16. stoletja je protestantsko gibanje na Slovenskem napredovalo tako po notranji dozorelosti kot po svoji razširjenosti. Tega ne kažejo le vedno novi člani ljubljanskega protestantskega krožka, tudi vizitacija 1554 je pokazala malo velikonočnih spovedi in obhajil. K protestantizmu se je nagibal poleg Bonoma in Kacijanerja tudi koprski škof Vergerij, ki je sprejel protestantizem in zato 1549 pobegnil na Nemško ter sodeloval s Trubarjem pri širjenju knjig, pa tudi štajerski deželni glavar Ivan Ungnad. V Trstu so se v Bonomovem krogu že okrog 1540 širile tudi Kalvinove ideje. Ko se je Trubar leta 1542 vrnil v Ljubljano kot kanonik, so se tudi tu razlegala nova gesla reformacije: maša je brez vrednosti, tudi spoved in čaščenje svetnikov, odpuščanje grehov daje le vera, ne dobra dela, temelj vere in bogoslužja mora biti le evangelij. Leta 1547 so že tudi kranjski deželni stanovi zahtevali obhajilo pod obema podobama.

Vendar se je položaj protestantov sredi štiridesetih let na Slovenskem znatno poslabšal. Leta 1543 je zamenjal škofa Kacijanerja v Ljubljani Urban Textor, oster nasprotnik protestantizma. Leta 1545 se je prvič sestal cerkveni zbor v Tridentu, ki je zavzel do protestantizma nespravljivo stališče. Nazadnje se je začela 1546 v nemški državi vojna med katoliškimi in protestantskimi knezi, v kateri so zmagali katoliški s Habsburžanoma Karlom in Ferdinandom na čelu.

Vse to je leta 1547 povzročilo prvi odkrit udarec po protestantizmu v slovenskih deželah. Škof Textor je dobil ovadbo proti duhovnikom, članom ljubljanskega protestantskega krožka. Z izjemo Trubarja, ki se je mudil v Šentjerneju na Dolenjskem, so prijeli vse, Trubar pa se je umaknil in se skrival po različnih gradovih in marca 1548 pobegnil v Nemčijo, kjer je postal pridigar v Rothenburgu ob Tauberi. Šele s tem je pretrgal vse vezi s katoliško cerkvijo, postal pravi protestant in se tudi poročil. Prav tega leta se je dokončno odločil za reformacijo tudi nekdanji koprski škof Vergerij.

V desetletju po Trubarjevem umiku na Württemberško pa je dobilo protestantsko gibanje na Slovenskem v dveh pogledih svojo dokončno obliko. Predvsem je bil Trubar vse preveč povezan s svojim ljudstvom, da v pregnanstvu ne bi bil delal zanj. Skrb za to mu je potisnila pero v roke. Poglavitni razlog, da je začel pisati, je bila želja, da bi še naprej razširjal med Slovenci pravo vero. Pri tem je veliko pomenilo dejstvo, da je bila za protestante književnost v ljudskem jeziku znatno pomembnejša kakor za katoličane. Skrb za vero in njeno pravilnost je v katoliški cerkvi zaupana duhovščini, v protestantizmu pa posameznemu kristjanu; če je sveto pismo podlaga vere in če je vera nujen pogoj za zveličanje, zahteva takšen verski nauk, da zna vsak kristjan brati sveto pismo v razumljivem jeziku. To je bila pri nas le slovenščina. Prav te misli so vodile Trubarja tudi pri izbiranju snovi za prvi dve slovenski knjigi. Konec leta 1550 je dal v tiskarno majhen abecednik in katekizem s preprosto razlago najvažnejših verskih naukov. Prvo je podpisal kot »Peryatil vseh Slouenzou«, drugo z izmišljenim imenom »rodoljub ilirski«.

Abecednik in mali katekizem v slovenskem jeziku »od aniga Peryatila vseh Slouenzou«

Katekizem v slovenskem jeziku s pridigo o pravi veri, sestavljeno od »Philopatrida Ilirskega«

Augsburška veroizpoved — Articuli oli deili te prave stare vere kerščanske, 1562

Cerkovna ordninga — cerkveni red in bogoslužje slovenske protestantske cerkve na Kranjskem, 1564

Tako so konec leta 1550 (morda v začetku 1551) dobili Slovenci svojo prvo tiskano knjigo. Postavljen je bil temelj dosti živahnemu književnemu razvoju v 16. stoletju pa tudi prihodnjemu slovenskemu kulturnemu razvoju. Skupni knjižni jezik je po dolgih stoletjih pomenil prvo vnanjo vez, ki je spet vidno povezala slovensko ljudstvo v celoto. Od kmečkih uporov in od uveljavitve skupnega knjižnega jezika se začenja težavna pot dozorevanja slovenskega ljudstva v narodno enoto in še težja pot boja za priznanje, da takšen narod loči mogočne nemške sosede od Sredozemskega morja in da ima vse pravice do življenja. Prav slovenska knjiga in z njo zvezan kulturni razvoj sta bila poslej najvažnejši orožji boja za ohranitev in utrditev povezanosti slovenskega ljudstva in za njegovo uveljavitev v svetu. Svoj obstoj je slovensko ljudstvo dokazalo že pred reformacijo v velikih in žilavih uporih. Neprecenljiva zasluga protestantizma in še posebej Primoža Trubarja pa je bila, da mu je s prvo slovensko knjigo in s poznejšim nadaljevanjem tega dela dal v roke orožje, brez katerega začetega boja ne bi bilo mogoče končati.

Vsekakor so se šele po sredi 16. stoletja začeli kazati močnejši vplivi protestantizma tudi na podeželju. V veliki meri je to zasluga slovenske protestantske književnosti. Slovenska protestantska knjiga je dala slovenskemu protestantizmu jasen obraz in postavila nadaljnje delo za njegovo razširjanje med ljudstvom na trdna tla. Zahtevala je tudi organizacijsko osamosvojitev protestantske cerkve.

Prav v tej smeri je Trubarjevo književno delo podprlo domači politični razvoj, odvisen tudi od boja med protestantskimi in katoliškimi knezi v Nemčiji. Premirje iz 1548. po zmagi katoliških knezov nad protestantskimi naj bi bilo docela ustavilo širjenje reformacije v nemški državi.

Deželni knez, ki je proti kmečkim prekrščevalskim ločinam kar najostreje nastopil, je bil do reformacijskih teženj deželnih stanov veliko bolj popustljiv. Videl je sicer, da se za njimi skrivajo politične želje po večji veljavi plemstva in po oslabitvi vladarjevih pravic v posameznih deželah, toda denarna stiska zaradi zunanjih nevarnosti mu ni dovolila nikakršne izbire. Z raznimi patenti je sicer protestantizem prepovedoval, vendar teh ukazov v življenju ni bilo mogoče uveljaviti; zadrževal je samo nastanek protestantske cerkvene organizacije.

Ko se je leta 1552 razbila liga katoliških knezov nemške države, je versko premirje propadlo. Šele po triletnih pogajanjih je na državnem zboru v Augsburgu leta 1555 Ferdinand dosegel augsburški verski mir, ki je priznal protestantizmu dosežene uspehe, vendar le v smislu deželnoknežjih protestantskih cerkva. Verski mir je zajel le protestante in katoličane in je pravico, da se glede vere sami odločijo, dal samo državnim stanovom. Sicer je smel o verski pripadnosti svojih podložnikov odločati deželni knez (cuius regio, eius religio); protestanti na ozemlju katoliških knezov (in obratno katoličani na ozemlju protestantskih knezov), ki se niso hoteli pokoriti ukazom deželnega kneza v verskih vprašanjih, so se lahko izselili v pokrajine, kjer se je uveljavila njihova vera. Gospostva, ki so bila še v rokah katoliških cerkvenih knezov, je bilo v bodoče prepovedano sekularizirati. V začetku šestdesetih let je končal delo tudi vesoljni tridentinski cerkveni zbor, ki je še na svojih zadnjih zasedanjih odklonil Ferdinandove posredovalne predloge o tem, kako bi bilo mogoče zbližati protestante s katoličani.

S tem je bil tudi v slovenskih deželah ustvarjen nov temelj za boj med protestantizmom in katolicizmom. Protestantski deželni stanovi so se sklicevali na določbo, naj vsaka od obeh ver zajame ozemlje, ki ga je obsegala leta 1555. Zaradi pravice deželnega kneza, da odloča o verski pripadnosti svojih dežel, pa se je boj za protestantizem spremenil v poglavitno postavko boja za oblast med deželnim knezom in deželnimi stanovi: ali more o verski pripadnosti vse dežele (vštevši plemstvo) odločati deželni knez, ali pa lahko o verski pripadnosti svojih podložnikov odločajo posamezni zemljiški gospodje.

Augsburški verski mir je bil sklenjen v času, ko je bil boj za novo vero v notranjeavstrijskih deželah že v polnem razmahu. Leta 1551 so bile vnovič prepovedane protestantske knjige. Odlok seveda ni pomagal. Prav takrat so se na novo pojavile prve luteranske knjige v slovenščini. Leta 1553 je Ferdinand izdal oster odlok zoper predikante. Leta 1554 je ukazal, da se mora duhovščina izobraževati le na dunajskem vseučilišču, malo pozneje pa, da mora vsak njegov podanik vsaj enkrat na leto k spovedi in obhajilu, vtem ko je obhajilo pod obema podobama prepovedal.

S tem da je Ferdinand leta 1555 sklenil mir, je dobil pravno podlago za uničenje protestantizma v svojih deželah, kolikor mu te podlage niso dajale po tedanjem mnenju že splošne pravice deželnega kneza. Drugače pa so razumeli verski mir notranjeavstrijski deželni stanovi, zlasti štajerski. S starimi listinami in svoboščinami deželnega plemstva so dokazovali, da je Štajerska podrejena neposredno državi in da velja verski mir tudi zanjo. O vprašanju, kako izvajati augsburški verski mir v Ferdinandovih deželah, so razpravljali leta 1555/1556 na dunajskem sestanku zastopnikov deželnih stanov. Deželno plemstvo je docela zagovarjalo novo vero. Proti strnjenim plemiškim vrstam je bil Ferdinand brez moči. Zaradi finančne zadrege je moral obljubiti, da bo članom deželnih stanov dovolil svobodo vesti in obhajilo pod obema podobama ter da od njih postavljenih duhovnikov ne bo preganjal, če se ne bodo zapletali v krivoverstvo in če ne bodo spreminjali katoliških verskih obredov. V strahu pred posledicami augsburškega verskega miru je štajerski deželni glavar Ivan Ungnad pobegnil na Württemberško in postal v naslednjih letih glavni podpornik pri razširjanju protestantizma med Slovenci s pomočjo protestantskih knjig.

Spričo teh pravic se je protestantizem med Slovenci v varstvu deželnega plemstva širil in postopoma dobival tudi trdnejšo organizacijsko ureditev. Pri tem se je v marsičem oprl na deželnoknežjo cerkev na Württemberškem, kamor so se zatekli nekateri vidni protestanti iz notranjeavstrijskih dežel — poleg Trubarja in Ungnada od leta 1553 tudi Vergerij, že prej pa Matija Grbić iz Istre, ki je imel nekaj časa v gosteh tudi znamenitega rojaka Matijo Vlačića.

Že v petdesetih letih 16. stoletja so delali protestantski predikanti po številnih kranjskih mestih — med drugim v Ljubljani, Kranju in Metliki — pa tudi po podeželju. Ko je leta 1558 Textorja zamenjal Peter Seebach, so bile razmere za uveljavljanje protestantizma še ugodnejše. Novi škof je namreč sam zagovarjal pravice deželnega plemstva pri odločanju o deželnih zadevah in zato stanovom ni hotel nasprotovati. Tako so kranjski deželni stanovi leta 1560 vnovič sklenili poklicati domov Trubarja, da bi organiziral »slovensko« protestantsko cerkev. Po daljšem obotavljanju je Trubar leta 1561 kljub večkratni Ferdinandovi prepovedi prišel v Ljubljano, ki ga je sprejela z zmagoslavnim sprevodom. Odtlej je ostal tu in s svojim literarnim delom pripravljal organizacijo posebne »slovenske cerkve«, ki ji je napisal veroizpoved (Artikuli, 1562) in cerkveni red (Slovenska cerkovna ordninga, 1564). Zlasti pomemben je bil cerkveni red »slovenske cerkve«, v katerem ni določil le razlik med protestantskim in katoliškim bogoslužjem, marveč je nakazal tudi načelne potrebe po šolstvu in se obrnil proti kmečkim ločinam. Leta 1563 so stanovi ustanovili v Ljubljani protestantsko latinsko šolo, ki jo je vodil Lenart Budina.

Prav tako oster kot na Kranjskem je bil prelom v uveljavljanju protestantizma tudi na Koroškem. Že leta 1555 so začeli opravljati »čisto nemško mašo« v različnih krajih, med drugimi tudi v Celovcu, Velikovcu in Beljaku. Prav tako je skoraj hkrati s Trubarjem sestavilo 26 koroških predikantov (najkasneje 1563.) — med njimi je bilo več takih, ki so delali med Slovenci — »preprosto krščansko izpoved evangeljskih pridigarjev na Koroškem«, ki so jo predložili v potrditev deželnim stanovom in dosegli dovoljenje za objavo. Pač pa tu reformacija ni bila močnejša kot na Kranjskem le v največjih mestih (Celovec, Beljak in Velikovec), marveč tudi na podeželju: že sredi 16. stoletja se vrstijo podatki o predikantih na podeželskih župnijah, zlasti ob Zilji in v Kanalski dolini.

Med Trubarjevim bivanjem v Ljubljani je umrl Ferdinand, potem ko se mu je še zadnjič ponesrečilo, da bi tridentinski cerkveni zbor privolil v ženitev duhovnikov in obhajilo pod obema podobama. Prvi predlog je cerkveni zbor povsem odklonil, drugega pa sprejel le začasno (od 1563 do 1568) kot posebno izjemno pravico v Ferdinandovih deželah. Seveda je to pomagalo protestantizmu v slovenskih deželah, saj je bilo obhajilo pod obema podobama razlika med obema cerkvama.

Razdelitev habsburških dednih dežel med Ferdinandove sinove je znova oslabila moč notranjeavstrijskega vladarja Karla. Deželni stanovi so ob svoji poklonitvi zahtevali tudi pravico do verske svobode. Nadvojvoda je bil zaradi turške nevarnosti in zmanjšanih dohodkov v velikih težavah. Vendar se je ob nastopu omejil le na obljubo, da bo poskrbel za izboljšanje cerkvenih razmer, v svobodo protestantske veroizpovedi pa ni hotel privoliti. Na Kranjskem je 1565 celo znova udaril po protestantih in dosegel, da so Trubarja vnovič izgnali. S Cerkovno ordningo je namreč Trubar posegel v odločitve deželnega kneza in presegel pravice, ki jih je Ferdinand priznal deželnim stanovom na dunajskem sestanku 1556.

Neglede na to je protestantizem za Karlove vlade v notranjeavstrijskih deželah nenehno napredoval. Deželni stanovi se niso več zadovoljili s tem, da se je deželni knez odrekel pravici odločati o njihovi verski pripadnosti po načelih augsburškega verskega miru. Odslej so neprestano zahtevali versko svobodo tudi za mesta in trge, poleg tega pa zase pravico, da smejo odločati o verski pripadnosti podložnikov na svojih zemljiških gospostvih. Od leta do leta so si prisvajali več pravic in utrjevali protestantsko cerkveno organizacijo.

Ko je Karel leta 1569 zahteval od deželnih stanov velike izredne davke, s katerimi se je nameraval znebiti dolgov po očetu, se je začel odločilni boj za priznanje verske svobode v notranjeavstrijskih deželah. Stanovi so zahtevali, naj deželni knez dovoli luteranstvo ne le po gradovih, marveč tudi v mestih, trgih in na podeželju; luteranskim pridigarjem naj ne brani pridiganja, svobodo veroizpovedi v svojih deželah pa naj potrdi tudi s pismenim zagotovilom. Deželni knez se ni uklonil in je zavrnil plemstvo. Poslej so se ponavljale zahteve deželnih stanov na vsakem sestanku in Karel je le s težavo dobil od njih tako potrebni denar.